Apesar de criada formalmente em 1994, os profissionais envolvidos com a Saúde Sem Limites começaram a trabalhar juntos desde 1989, colaborando com projetos de saúde desenvolvidos por organizações indígenas e de seringueiros do Acre, apoiados financeiramente pela Health Unlimited, ONG internacional com sede em Londres. Esta opção por trabalhar com comunidades indígenas e extrativistas se deu em um contexto histórico no qual as iniciativas de trabalhos de saúde em locais de difícil acesso, como a região Amazônica, eram bastante incipientes.
A partir da década de 90, o trabalho dos profissionais da SSL tem se voltado para a prestação de serviços no campo da Atenção Básica à Saúde, como estratégia para o desenvolvimento de recursos humanos locais e para a formação para a cidadania das comunidades indígenas e dos seringueiros.
Desde então a Associação Saúde Sem Limites vem, ao longo dos anos, agregando ao seu corpo de associados profissionais com larga experiência no trabalho de campo com comunidades culturalmente diferenciadas, e na área da saúde e das ciências sociais. Além disso, estendeu a sua atuação para outras regiões como os estados do Amazonas e Pernambuco, ampliando a sua participação em redes nacionais e internacionais, fortalecendo suas parcerias com organizações representativas das populações indígenas e tradicionais e intensificando o seu trabalho em prol de políticas públicas capazes de respeitarem os direitos destes povos e atenderem suas necessidades específicas.